A criação da Faculdade de Educação São Francisco começou a ser idealizada no ano de 1990, a partir do projeto da Professora Aldenôra Veloso Medeiros de oferecer a Pedreiras e região a oportunidade de acesso ao ensino superior, visto que o polo da Universidade Estadual do Maranhão mais próximo ficava a 62,7 km de Pedreiras, na cidade de Bacabal.
A Faculdade de Educação São Francisco é a concretização de um projeto educacional de um grupo de pessoas com raízes profundas em Pedreiras, empenhadas no desenvolvimento de um projeto de educação superior de qualidade, com a finalidade de qualificar profissionais graduados e pós-graduados, com o interesse da promoção do desenvolvimento educacional, cultural, social, econômico e político do homem e da região onde ele está inserido e com a qual deve estar comprometido.
A autorização para o funcionamento veio através da Portaria nº 1353/2000, de 29/08/2000-MEC, publicada no DOU de 30/08/2000. De posse dessa autorização, realizou-se o primeiro concurso vestibular nos dias 09 e 10 de setembro de 2000, tendo a FAESF iniciado suas atividades no segundo semestre do ano de 2000, com o curso de Pedagogia, autorizado pela mesma Portaria e, posteriormente reconhecido pela Portaria 148, de 14/01/2005-MEC.
